ecole chimie chimie 12 gif

BIOGEO_OV

Biología  y Geología de la ESO     

 y Bachillerato     

José Luis Sánchez Guillén (Oviedo-Asturias)       

 

 

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 ÍNDICE DE MODELOS MOLECULARES PDB

DIRECCIONES WEB CON INSTRUCCIONES DETALLADAS PARA  INSTALAR EL PLUGIN PARA VER LOS MODELOS PDB

Antes de poder ver los modelos moleculares 3D hay que tener instalado un pequeño programa (plugin) que permite al navegador abrir adecuadamente los ficheros en formato PDB.  Ver instrucciones en los siguientes enlaces.

Instrucciones para bajar e instalar el plugin Chime.

http://www.mdlchime.com Para bajarse el programa Chime.

Enlaces de interés sobre CHIME, su instalación, compatibilidad y los problemas de instalación que puedan darse

 

Si se tiene Windows XP y se ha instalado Chime 2.6 SP6 for Windows no se presentará ningún problema y sólo con registrarse, descargar el plugin e instalarlo será suficiente.

Si se tienen otros sistemas operativos y navegadores,  es conveniente visitar las siguientes páginas:

-http://www2.uah.es/biomodel/model1/info-cfg.htm: Cómo configurar el ordenador para ver los modelos 3D en formato PDB en la páginas WEB.

-http://www2.uah.es/biomodel/comun/compatib/neccsoft.htm#verify : Resolución de problemas para la instalación de CHIME en el ordenador.

-http://www2.uah.es/biomodel/comun/compatib/compatib.htm : Compatibilidad entre CHIME y los diferentes navegadores (Internet Explorer y Netscape).

 

BASE DE MODELOS 3D

http://www.uwsp.edu/chemistry/pdbs/. Enlace que contiene una gran cantidad de modelos moleculares en formato pdb. Debe tenerse en cuenta que algunos modelos  -sobre todo de proteínas- son ficheros muy pesados y pueden tardar un tiempo en cargarse.

MODELOS 3D

1 Hidrocarburos y otras sustancias básicas.

1.1

cc_metano.PDB Metano

1.2

ce_etano.PDB Etano

1.3

cg_propano.PDB Propano

1.4

ci_butano.PDB Butano

1.5

ck_etileno.PDB Etileno

1.6

cl_etanol.PDB Etanol

2 Agua e iones

2.1 aa_agua.PDB Agua
2.2 ad_agualiquida.PDB Agua líquida

3 Glúcidos

3.1

dc_glucosa.pdb Glucosa
3.2 df_glucosa_alfa.pdb Alfa glucosa
3.3 dg_glucosa_beta.PDB Beta glucosa
3.4 dh_fructosa.PDB Fructosa

3.5

di_galactosa.PDB Galactosa

3.6

dj_galactosa_alfa.PDB Alfa galactosa
3.7 dl_ribosa_beta.PDB Beta ribosa
3.8 dm_sacarosa.PDB Sacarosa
3.9 dn_maltosa.PDB Maltosa
3.10 do_celobiosa.PDB Celobiosa
3.11 dp_lactosa.PDB Lactosa
3.12 dq_sucrosa.PDB Sucrosa
3.13 dr_union1_6.PDB Unión 1-6 entre monosacáridos
3.14 ds_amilosa.PDB Amilosa (almidón)
3.15 dt_amilopec.PDB Amilopectina (almidón)
3.16 dt_glycoxgen.PDB Glucógeno
3.17 du_celulosa.PDB Celulosa
3.18 dv_quitina.PDB Quitina
3.19 dx_condro4.PDB Condroitin- 4- sulfato
3.20 dy_dextrano_bact.PDB Dextrano
3.21 dz_hialuron.PDB Ácido hialurónico.
3.22 dz1_oligo_lisosomico.PDB Oligosacárido lisosómico.
3.23 dz2_oligo_membr.PDB Oligosacárido de membrana.
3.24 dz3_oligo_secrec.PDB Oligosacárido de secreción

4 Lípidos

4.1

ea_laurico12l.pdb Ácido laúrico

4.2

eb_palmitic16l.pdb Ácido palmítico

4.3

ec_estearico18l.PDB Ácido esteárico

4.4

eg_oleico181d.PDB Ácido oléico
4.5 eh__linoleic182d.pdb Ácido linoléico
4.6 ei_arachi204d.pdb Ácido araquidónico
4.7 ej_triglicerido.pdb Trigicérido
4.8 ek_lecitina.PDB Fosfoglicérido.  Fosfatidil colina (Lecitina )
4.9 el_cefalina.PDB Fosfoglicérido. Fosfatidil etanolamina (cefalina).
4.10 em_fosfaser.PDB Fosfoglicérido. Fosfatidil serina.
4.11 en_fosfglic.PDB Fosfatidil glicerol.
4.12 eo_cardiolp.PDB Difosfatidil glicerol (cardiolipina)
4.13 ep_fosfinos.PDB Fosfatidil inositol
4.14 eq_esfingos.PDB Esfingosina
4.15 er_esfingomielina.PDB Esfingomielina.
4.16 es_colester.pdb Colesterol
   

5 Aminoácidos, péptidos y proteínas

5.1

g01_glycina.PDB Glicocola
5.2 g02_alanina.PDB Alanina
5.3 g03_leucina.PDB Leucina
5.4 g04_valina.PDB Valina
5.5 g05_isoleucina.PDB Isoleucina
5.6 g06_fenilalanina.PDB Fenilalanina
5.7 g07_metionina.PDB Metionina
5.8 g08_prolina.PDB Prolina
5.9 g09_triptofano.PDB Triptófano
5.10 g10_serina.PDB Serina
5.11 g11_treonina.PDB Treonina
5.12 g12_tirosina.PDB Tirosina
5.13 g13_cisteina.PDB Cisteina
5.14 g14_asparagina.PDB Asparagina
5.15 g15_histidina.PDB Histidina
5.16 g16_aspartico.PDB Ácido Aspártico
5.17 g17_arginina.PDB Arginina
5.18 g18_glutamina.PDB Glutamina
5.19 g19_glutamico.PDB Ácido glutámico
5.20 g20_lisina.PDB Lisina
5.21 ha1_insulin.PDB Insulina
5.22 ha2_oxitocin.PDB Oxitocina
5.23 ha3_glucagon.PDB Glucagón
5.24 ha4_glutation.PDB Glutation
5.25 ha5_glucocorticoide.PDB Glucocorticoide
5.26 hb_ubicuitina53.PDB Ubicuitina
5.27 hj_hemob.PDB Hemoglobina (201 KB)

6 Nucleótidos y ácidos nucleicos

6.1 ja_AMP.PDB AMP
6.2 jb_GMP.PDB GMP
6.3 jd_CMP.PDB CMP
6.4 jd_UMP.PDB UMP
6.5 je_TMP.PDB TMP
6.6 jf_ATP.PDB ATP
6.7 jg_GTP.PDB GTP
6.8 ji_dna.PDB ADN